Sistem seleksi Penerimaan Mahasiswa Baru Universitas Nahdlatul Ulama Yogyakarta di masa pandemi didesain menggunakan jalur seleksi rapor. Sebelumnya, seleksi masuk menggunakan sistem tes online CBT. Sehubungan dengan pandemi covid-19 yang tak kunjung mereda, sehingga Universitas memberi kemudahkan bagi siswa yang akan melanjutkan jenjang pendidikan di Perguruan Tinggi. Tes seleksi rapor ini digunakan untuk mengukur kemampuan akademik.